À l’état natif et parce qu’elles jouent un rôle de stockage de protéines ou d’acides aminés, les graines protéagineuses comportent des substances dont la fonction est de préserver leurs réserves protéiques et donc de s’opposer à leur digestibilité. Ingérées à l’état brut, les graines de soja, pois, lupin, féveroles ne sont donc pas totalement bien digérées par les ruminants ou les monogastriques. Des facteurs dits antinutritionnels et des mécanismes limitant le potentiel nutritif des protéagineux sont relativement bien identifiés.